Desecada ente los años 1803 y 1806 con la autorización del Rey Carlos IV, la Laguna de Villena fue hasta la fecha un espacio natural de primer nivel medioambiental. Importante núcleo de biodiversidad con grandes valores ecológicos y culturales para los habitantes de la zona que quedaron reflejados en los restos arqueológicos hallados en lugares como el Cabezo Redondo, la Cueva del Lagrimal o la Huesa Tacaña. También en los relatos y documentos de personajes históricos se hace referencia a la laguna y los recursos naturales que ofreció.

Sus aguas mantuvieron una riquísima variedad de organismos entre los que destacan grupo de las aves, pues este humedal ofrecía un lugar para su reproducción, invernada o refugio de decenas de especies que precisaban de este tipo de ambientes para sobrevivir. Lugar de paso y descanso para los migrantes de entre la parte continental ibérica y las áreas costeras, donde en la actualidad todavía se pueden observar garzas, avefrías, patos, andarríos, agachadizas, chorlitejos y cigüeñuelas que llegan atraídas cuando las aguas de la laguna aparecen someras. 

Otra especie sin la cual no se podría escribir sobre la historia natural de La Laguna de Villena es el fartet; ese pequeño pez que en tantas ocasiones nos hemos referido, cuya singularidad adquirida por el aislamiento geográfico ofrecido por las aguas de la laguna hicieron de él uno de los elementos vivos de mayor relevancia de la provincia de Alicante. Primero relegado a la Acequia del Rey y posteriormente extinguido de su medio natural, el fartet siempre ha sido uno de los objetivos primordiales en conservación a nivel local hasta su reintroducción en el medio natural en el año 2016. 

En la actualidad, gran parte del humedal aparece parcelado o convertido en extensiones yermas y cultivos de relativa productividad agrícola.  Sólo tras los grandes episodios de lluvias recupera su carácter de humedal y de laguna estacional. 

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Tras las inundaciones, zonas encharcadas y acequias permiten la presencia de fauna de gran interés. Las tierras quedan entonces anegadas por las aguas de escorrentía y afloramientos que bajan desde los cabezos y toda el área circundante, transformándose en un enclave único en el territorio. Junto con la Acequia del Rey, algunas acequias mantienen agua durante todo el año recibiendo diversos aportes hídricos, creando un ecosistema de altísimo valor ambiental. 

Las lagunas y zonas húmedas continentales son los hábitats más sensibles, frágiles y vulnerables a las alteraciones humanas y a los efectos del cambio climático. Son un recurso hídrico natural que además alberga una importante comunidad biológica con numerosas especies amenazadas.

Con algo más de 717 hectáreas la Laguna de Villena está declarada figura de protección como Zona Húmeda desde el año 2002 e incluida como Lugar de Interés Comunitario (LIC) desde 2001; aún así, se trata de un lugar prioritario de conservación y precisa de su Reconocimiento, Recuperación y Protección, siendo necesarios compromisos sociales, municipales y autonómicos para su declaración como Zona Especial de Conservación para formar parte de la Red Natura 2000 y convertirse en la reserva natural que merece.

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